หลังสิ้นสุดยุทธการโทบะ-ฟูชิมิในเดือนมกราคม ค.ศ. 1868 คนโดได้กลับมาที่นครเอโดะ และได้รับการแต่งตั้งให้เป็น "วากาโดชิโยริ" (ตำแหน่งนี้อาจแปลความหมายได้ว่า "ผู้อาวุโสชั้นผู้น้อย" - "Junior Elders) อันก่อให้เกิดความแตกแยกภายในการบริหารงานของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะอย่างรวดเร็ว[26] กองกำลังของเขาได้ทำการสู้รบกับกองกำลังที่ถูกส่งมาจากราชสำนักของพระจักรพรรดิอีกหลายครั้ง แต่กลับประสบความพ่ายแพ้ในหลายสมรภูมิ ทั้งในการรบที่เมืองคัตซึนูมะ และที่เมืองนางาเรยามะ คนโดถูกกองทัพฝ่ายในพระนามจักรพรรดิเมจิจับเป็นเชลย และได้ถูกประหารชีวิตด้วยการตัดศีรษะในวันที่ 17 เดือน 5 ตามจันทรคติ ปี ค.ศ. 1868[27]

ตามบันทึกของทานิ ทาเตกิ คนโดถูกไต่สวนถึงคดีการลอบสังหารซากาโมโตะ เรียวมะ ซามูไรชาวแคว้นโทซะผู้มีบทบาทในการเจรจาให้ฝ่ายโชกุนยอมถวายอำนาจคืนแก่พระจักรพรรดิ แต่คนโดปฏิเสธความเกี่ยวข้องของตนเองและชินเซ็งงูมิในคดีนี้ ก่อนที่จะถูกประหารชีวิตจากคดีดังกล่าวในที่สุด แม้หลังจากนั้นในปี ค.ศ. 1870 อิมาอิ โนบูโอะ อดีตสมาชิกกลุ่มมิมาวาริงูมิ จะสารภาพว่าตนเป็นผู้ก่อคดีลอบสังหารซากาโมโตะ เรียวมะ แต่ทานิก็ค้านว่าคนโดไม่ได้ถูกกล่าวหาอย่างผิดๆ ในคดีนี้ จะอย่างไรก็ดี แม้จะมีการสันนิษฐานจากหลากหลายทฤษฎีอันเป็นที่ยอมรับ แต่การจะหาว่าใครเป็นผู้บงการตัวจริงในคดีนี้ก็ยังเป็นเรื่องที่ลึกลับและยังไม่มีข้อสรุปมาจนถึงทุกวันนี้

สุสานของคนโดปรากฏอยู่หลายแห่ง โดยมากเชื่อว่าสุสานแห่งแรกของคนโดถูกสร้างขึ้นที่วัดเท็นเนจิ (天寧寺) ในแคว้นไอสึ โดยฮิจิกาตะ โทชิโซ[28] กล่าวกันว่าฮิจิกาตะซึ่งเพิ่งฟื้นตัวจากการบาดเจ็บที่เท้าในยุทธการอุซึโนะมิยะ เป็นผู้ให้คำแนะนำปรึกษาโดยส่วนตัวในการเตรียมการและจัดสร้างสถานที่แห่งนี้[28] ส่วนนาม "คังเท็นอินเด็นจุนจูเซงิไดโคจิ" (貫天院殿純忠誠義大居士) ซึ่งเป็นนามหลังเสียชีวิตของคนโด เชื่อว่าตั้งให้โดยมัตสึไดระ คาตาโมะริ[28]